גיבס נפגע בפעולת טרור וטוני לוקח את הפיקוד, למורת רוחם של כמה מחברי הצוות. גיבס חווה פלאשבקים מעברו שמציפים אותו ברגשות שהודחקו.

בפרק סיום העונה, הצוות מנסה לבלום התקפת טרור נגד חיל הים, בזמן שגיבס, שעדיין מתאושש מפציעתו, סובל מאובדן זיכרון.

הצוות חוקר סביב בית הארחה של משפחות של חיילים, לאחר שנמצא חדר מטונף בדם וברקמות אדם. דאקי מגלה שהממצאים נלקחו משלוש גופות שונות שנותחו באופן מקצועי.

גופתו של חייל מארינס נמצאת באגם קפוא. גילוי גופות נוספות בסביבה גורם לצוות לחשוד בכנופיית רחוב.

הצוות מבצע פשיטה על מוסך תיקונים בניהולם של אנשי חיל הים, ומגלה ראש אדם קפוא בתא המטען של אחת המכוניות.

במהלך חיפושם אחר ספינת מבריחים, טוני וזיווה נלכדים וננעלים במיכל, והצוות מנסה לאתר אותם.

הצוות מחפש אחר אשתו הנעדרת של חייל הממוקם בעיראק. מסתבר שהיא ניהלה אתר פורנוגרפיה מביתה, ויכול להיות שנרצחה מול מצלמת הווב-קאם. טוני מגלה שדעותיה של זיוה לגבי מיניות דומות לדעותיו…

טוני פותח מעטפה חתומה בנשיקה, ומגלה בה אבקה לבנה. הוא וקייט נאלצים להיסגר בחדר בידוד, בעוד גיבס ומקגי מנסים לגלות מי שלח את המעטפה.

הצוות חוקר רצח של חייל מארינס בקולג' שלו, ומוצא שהמקרה קשור לקבוצה מסתורית בקמפוס הנקראת "התא האדום".

היחידה חוקרת מקרה מוזר של קצין זוטר בוושינגטון שקיבל חבילה מפרגוואי, ובה עיניים אנושיות.

אשתו של חייל מארינס יורה באדם שפרץ לביתה וניסה לאנוס אותה. הצוות של גיבס חושף קשר מסתורי בין האישה לתוקף שלה.

מפקד בחיל הים שעבר ניתוח לב פתוח מתאושש, ולפתע עולה באש. הצוות של גיבס נקרא לפענח את המקרה.

הצוות מנסה לפענח מה קרה לאישה שגופתה נמצאה חנוטה כמומיה, אזוקה בחדר תת קרקעי בבסיס צבאי נטוש. החשש הוא שהרוצח יבצע רצח דומה עם קורבן נוסף.

גופתו של חייל מארינס מתגלה לאחר מסיבה במועדון לילה לא חוקי, והצוות חוקר מספר כיוונים – כולל סחיטה ומוות מקרי.

אלמנתו של חייל מארינס מקבלת שיחת טלפון מבעלה המת, והצוות בודק האם זו הייתה מתיחה.

סוכן אן-סי-איי-אס שעבד תחת גיבס מבקש את עזרת הצוות בחקירת פרשה של מלחים המתים ממנות יתר של סמים, אך אין להם שום היסטוריה של התמכרות לסמים.

דרמת אקשן העוקבת אחר סוכני שירות החקירות הפליליות של חיל הים שמשתפים פעולה עם אנשי המז"פ בדינמיקה משעשעת ותחת תנאים קשים, במטרה לפתור את כל הפשעים הקשורים לצי ולמארינס האמריקני.