הצוות מתחיל פעולה סמויה מתוך דירתם של וולר וג'יין. קעקוע מוביל את הצוות לרופא שמסתיר סוד.

הצוות יוצא למשימה סמויה כדי לעצור טרוריסט מלבצע פיגוע. רומן סוחט את וולר עם סוד נורא על ג'יין.

ג'יין נלחמת בסוד מעברה המאיים לצוף בחייה, והצוות נמצא במירוץ נגד הזמן כדי למנוע משבר בינלאומי.

הצוות רודף אחרי מחבל מסוכן המשליט טרור על מנהטן. ג'יין מגלה סוד מזעזע על ילדותה.

בעוד וולר וג'יין מנסים לאתר קבוצה של האקרים מסכונים, פטרסון וריץ' מוכרחים לשתף פעולה כדי להסתיר סוד גדול מעברם.

בעוד הצוות מתרגל לדינמיקה החדשה ולקעקועים החדשים, הם נאבקים בכוח זר ומסוכן המנסה להשתלט על לווין.

שנה וחצי אחרי שדרכיהם נפרדו בצורה מסתורית, צוות האף-בי-איי מתאסף שוב בעקבות משבר חדש.

פרק אחרון לעונה. בעוד שבאף-בי-איי מתמודדים עם הטרגדיה שקרתה, הצוות עדיין מנסה לעצור את שפרד מלגרום נזק בלתי הפיך לאומה שלמה. עתידה של ג'יין בצוות נראה לא ברור.

הצוות מצליח לשבור כמה מחברי סנדסטורם. ריד מבקש לקבל העברה לקוונטיקו. וולר מצליח להבין מהו "השלב השני".

פרק אחרון לעונה. וולר מנסה למצוא תשובות בהצהרה קורעת לב שמצא, בעוד ג'יין מנסה למצוא תשובות אצל חשודה לשעבר.

זפאטה נשלחת לכלא ביחד עם דבון, סוכנת בצוות "סופת חול". ג'יין מתוודה בפני וולר על מעשיו של רומן.

וולר וג'יין יוצאים למשימה חשאית מסוכנת כדי להשיג את שני המסמכים המסווגים ביותר בעולם. שפרד טסה לתאילנד כדי להשיג נשק קטלני, אך התוכנית שלה משתבשת. ריד מגיע לשיחה עם וולר.

הצוות מגלה תינוק נטוש הנושא את אותו הקעקוע שיש לג'יין.

האקרים פורצים לרשת המאובטחת של האף-בי-איי, משתלטים על המערכת וכולאים את הצוות בתוך הבניין.

וייץ מתחקר את חברי הצוות אחד אחד, נחוש בדעתו להפליל אותם. הצוות מנסה למצוא את הקשר בין קעקוע נוסף על גופה של ג'יין לבין מקרה מוות מסתורי בבית אומנה.

לאחר שבילו יחד את הערב, ג'יין ואוליבר מתעוררים לסיטואציה לא נעימה שמאלצת אותם להתוודות על כל מה שהסתירו זה מזו. טאשה מספרת לוולר שריד משתמש בסמים.

הצוות מנסה להבין כיצד שפרד מקבלת מידע על תוכניותיהם של האף-בי-איי עוד לפני שהן קרו ואיך היא תמיד נמצאת צעד אחד קדימה. ריד וטאשה נקראים לבדיקת סמים אקראית, מה שמכניס…

נערה צעירה מתגלה כקשורה לארגון טרור ולקעקועיה של ג'יין.

הצוות מנסה לפענח סדרה של רמזים, את הקשר בניהם ועל מי ומה הם מצביעים. רומן מקבל הזדמנות חד פעמית להוכיח את עצמו וג'יין עורכת בדיקת רקע על אוליבר.

בזמן שהצוות עסוק בלחקור את אחד הקעקועים של ג'יין, ירי מזעזע מתרחש בקולג'.

ריץ' מבין שאיננו מסוגל לשרוד בכלא, ולכן הוא מחליט לתת לסוכני האף-בי-איי את ההזדמנות לתפוס את הכלכלן הראשי של ארגוני הטרור, שוהיד אקטר.

קעקוע מוביל את חברי הצוות אל אגודה סודית בעלת כח רב. הצוות נעזר בריץ' על מנת להסתנן פנימה.

הצוות נמצא בבעיה כאשר הוא מגלה שקורט וולר עשוי לעבוד כסוכן כפול.

פטרסון מגלה מסר חבוי בתפזורת בעיתון, מה שמוביל אותה למסע חיפושים אשר מעמיד אותה בסכנה גדולה.

הצוות מפענח קעקוע נוסף המוביל חזרה לרומן וכעת עליהם להחליט האם לתת לו לצאת לשטח למשימה מסוכנת עם כנופיית אופנוענים.

הצוות מגלה נשק כימי על גבי משאית שנגנבה. עליהם לפעול במהרה על מנת למנוע מתקפת טרור קטלנית.

ציור זהה לאחד מקעקועיה של ג'יין נגנב מהגלריה והצוות מגלה שג'יין היא בעצם המטרה האמתית.

אחד הטרוריסטים המבוקשים והמסוכנים ביותר בעולם מופיע לפתע בניו-יורק. הצוות חייב לפעול יחד עם הסי-אי-איי כדי לעצור פצצה קטלנית.

דיווח אשר התקבל מאדם אנונימי מוביל את הצוות לחקור פרשה מטרידה של הוצאה להורג.

הסוד הגדול ביותר של סוכני האף-בי-איי עומד בסכנת חשיפה וכולם חשודים.

פטרסון עדיין נעדרת. ג'יין ווולר עושים כל שביכולתם בכדי למצוא אותה לפני ששפרד תפגע בה.

ג'יין מגלה כי סנדסטורם מודעים וערוכים למתקפה המתקרבת ובאה. כעת היא מסכנת את הכל כדי לשלוח מסר חירום סודי לחבריה באף-בי-איי.

חייל לשעבר מובא לחקירה. הצוות מגלה בדמו את אותו הסם שטשטש את ג'יין ובנוסף הצוות מגלה שחייל זה רשום כמת כבר זמן רב.

ג'יין מודאגת לאחר רצף גילויים מטרידים בקשר לקעקועיה. קעקוע ספציפי מוביל את הצוות לגילוי מפתיע בים השחור.

כאשר וולר וג'יין נעלמים בעת פעילות חשאית, שאר הקבוצה פונה לזוג פושעים בשביל לקבל תשובות.