בפרק האחרון לעונה, על הצוות להחליט אם להציל את חייו של קולסון או שלא, כי ההחלטה הלא נכונה תגרום להרס כדור הארץ.

עתידה של דייזי כמשמידת העולמות עלול להשתנות משמעותית. בינתיים, טלבוט חוזר הביתה, פיץ-סימונס מנסים לרקוח תרופה מהחומרים שדייזי הביאה.

טלבוט הנחוש והחזק לוקח את קולסון לפגישה עם האויב, בניסיון למנוע את הרס כדור הארץ. במקביל, דייזי יצאה לחפש אחר החומר שיעזור לקולסון להאריך ימים.

הצוות מוצא עצמו לכוד במגדלור בטעות וגם תחת מצור מגורם חיצוני. עכשיו עליו לנסות ולהיחלץ משם, תוך הדיפה של אויב בעל יכולות על אנושיות.

על הצוות למצוא דרך לעצור בעד רובי לפני שתיווצר תגובת השרשרת שתוביל להרס כדור הארץ, כפי שרובין חזתה.

פיץ-סימונס ויו-יו מנסים לנטרל נשק שעלול לגרום להרס כדוה"א. בינתיים, קולסון ודייזי מבקשים את עזרת טלבוט באיתור המיקום של גנרל הייל.

קולסון נאלץ לחבור לבעלי ברית מפתיעים כדי להציל את העולם. בינתיים, הצוות שלו מנסה לאתר אותו כדי לחלצו, ג'מה וסימונס מנסות לשכנע את מאק, שישחרר את פיץ.

קולסון מגלה את המניע האמיתי של גנרל הייל, ואם ש.י.ל.ד. לא יצליחו לעצור בעדה, ייתכן שזה מה שיחריב את העולם.

עם הגעתו המפתיעה של גוסט ריידר, קולסון וצוותו מנסים למנוע בעד עדה להחריב את העולם. יו-יו מנסה להחזיר את מאק, רגע לפני שהתשתית הולכת ונמחקת.

שמחת הניצחון של קולסון והצוות על ההיחלצות מהתשתית נגדעת במהירות, כאשר אויב קטלני אף יותר מאיים על כולם.

מיי מנסה לגלות את מה שקרה לה. בינתיים, קולסון ויו-יו מנסים לשתול אמצעי מעקב אצל הסנטור נדיר, חרף התנגדותו של גנרל טלבוט. דייזי ומייס מעידים בוועדה של הסנאט. והפעולות של…

קולסון ומאק, שנפרדו משאר הצוות, מגלים סוד מזעזע על המנהל מייס, שעלול לסכן את ש.י.ל.ד. פיץ מייעץ לד"ר רדקליף לשמור מרחק מהבסיס, ורדקליף ממשיך בתוכניתו מרחוק.

צוות ש.י.ל.ד יוצאים לסכל את תוכניתו של הייב ואולי אף לתפוס אותו. ובינתיים, בבסיס, דייזי סובלת מייסורי מצפון ותסמיני גמילה.

טלבוט דורש מקולסון שיירשום את הבלתי אנושיים שלו ברשימה הארצית ומאוד לא מרוצה לשמוע על הייב. בינתיים, דייזי מנסה לעזור ללינקולן להימלט מהבסיס כדי שיצטרף אליה.

פיץ-סימונס יוצאים למשימה שתסייע להם לעצור בעד הייב ולרפא את דייזי מהשפעתו. בינתיים, הייב ממשיך לגייס איניומנז לשורותיו. פיץ-וסימונס שוקלים את המשך יחסיהם.

קולסון וגנרל טלבוט נאלצים לחבור ולהשתתף בדיון על הבלתי אנושיים, בו הם מאמינים כי למאליק יש איש בפנים. בינתיים, יריב מן העבר שב לתמונה, והצוות מגיע לתגלית הקשורה לטריג'ן.

לאחר גילוי מפתיע, חברי ש.י.ל.ד עומדים בפני החלטה קשה. בובי ומאק מכריזים על נאמנותם להאנטר, ו-וורד והסוכנת 33 מטפלים בעניין פרטי.

סקיי נמצאת בבידוד, וג'מה נמצאת בבטן האדמה ועובדת על הטבעת העיר הסודית. בינתיים, הצוות מתכונן למבצע נגד הידרה, כדי לחסל את האנשים שארגנו את מותו של טריפ. ריינה עברה שינוי,…

היידרה שוכרת מתנקשים שיתחזו לסוכני ש.י.ל.ד. ויתקפו את האו"ם. קולסון שולח את מלינדה, לאנס ובובי למצוא את האיש שעיצב את כלי הנשק שלהם, ומתעמת עם הסנטור שקורא לחרם נגד הסוכנות.

קולסון ומלינדה מנסים להשיג ציור העשוי להיות המפתח למצבו ההולך ומתדרדר של קולסון. כאשר חברי הצוות לכודים, פיץ הוא התקווה היחידה שלהם.

אויבים רבים מתקרבים אל עבר חברי הצוות, וקולסון מבצע פעולה נואשת כדי להצילם. בינתיים, רופא שומר על סודות העלולים לסכן את אחד הסוכנים. בתפקיד אורח: קייל מקלכלן.

עונה שנייה לסדרת האקשן המדוברת. בהמשך לסיום העונה הקודמת, גרנט וורד נמצא במעצר לאחר שנחשף כי היה סוכן כפול של הידרה, מלינדה מיי ממשיכה לעקוב אחרי קולסון, ניק פיורי נעלם,…

כאשר כבר לא ניתן לבטוח באף אחד, הסוכנת מריה היל (קובי סמולדרס, "איך פגשתי את אמא") חוזרת כדי לסייע לקולסון בזמן שצוות ש.י.ל.ד. סופג מכה קשה.

קולסון והצוות מחפשים מקלט מהקולונל גלן טלבוט – במקום האחרון שמישהו יחשוב עליו. הם מתחילים לחשוף את סודותיה המסוכנים ביותר של סוכנות ש.י.ל.ד, סודות העלולים להשמיד את כולם.