הזמן שנותר לדייזי וסימונס לחלץ את אנשי הצוות שלהם מהתשתית, הולך ואוזל ועדיין לא כולם מוכנים או מעוניינים לעזוב.

דייזי חוברת אל שותפה בלתי צפוייה ויתר החבורה שהתאחדה בתשתית, פועלים להפלת הידרה. עדה מתכוננת לקראת המטרה הסופית שלה בפרויקט המראה.

פיץ חוקר את דייזי בדרכו המיוחדת, ובינתיים ג'פרי מתכנן לחלץ אסיר חשוב בעל מודיעין יקר, ממחנה לחינוך מחדש של הידרה. ומכרים מהעולם הישן, נפגשים בעולם הווירטואלי.

פיץ-סימונס וטריפ יורדים למנהרות כדי לטמון פצצות ליד המקדש והם לא יודעים באיזה מצב הם יתקלו שם במאק. בינתיים, סקיי נפגשת עם אביה והוא מגלה לה עובדות מפתיעות על עברה.

הצוות מנצח את "הידרה" במירוץ לאיתור העיר העתיקה, אולם צריך לשלם כדי לחשוף את סודותיה של העיר. בינתיים, מיי וסקיי ממהרות למצוא את ריינה לפני שוויטהול יגיע אליה.

קולסון וצוותו מסתננים אל תחנת ממסר נידחת, כדי לפרוץ ללוויינים על מנת לחפש אחר העיר שקולסון רושם באובססיביות. גרנט וורד חוטף את אחיו הסנטור. הסוכנת קרטר מופיעה בפעם הראשונה.

ניצולי פרויקט טהיטי נרצחים, וקולסון עובר תהליך כואב על מנת לזהות את הקורבן הבא. בינתיים מלינדה, בובי והאנטר עוקבים אחר וורד לאחר בריחתו ממעצר.

היידרה שוכרת מתנקשים שיתחזו לסוכני ש.י.ל.ד. ויתקפו את האו"ם. קולסון שולח את מלינדה, לאנס ובובי למצוא את האיש שעיצב את כלי הנשק שלהם, ומתעמת עם הסנטור שקורא לחרם נגד הסוכנות.

לאחר האיומים על ריינה, היא פונה לאביה של סקיי ומבקשת ממנו את האובליסק. סימונס שולחת מסר לש.י.ל.ד., וזה מביא לפתיחה בחקירה לגילוי החפרפרת שבהידרה.

קולסון ומלינדה מנסים להשיג ציור העשוי להיות המפתח למצבו ההולך ומתדרדר של קולסון. כאשר חברי הצוות לכודים, פיץ הוא התקווה היחידה שלהם.

ש.י.ל.ד והידרה רודפות שתיהן אחר דני גיל, בגלל יכולות ההקפאה שלו. בינתיים פיץ מתעמת עם גרנט לראשונה מאז גרנט ניסה להרוג אותו.

אויבים רבים מתקרבים אל עבר חברי הצוות, וקולסון מבצע פעולה נואשת כדי להצילם. בינתיים, רופא שומר על סודות העלולים לסכן את אחד הסוכנים. בתפקיד אורח: קייל מקלכלן.

עונה שנייה לסדרת האקשן המדוברת. בהמשך לסיום העונה הקודמת, גרנט וורד נמצא במעצר לאחר שנחשף כי היה סוכן כפול של הידרה, מלינדה מיי ממשיכה לעקוב אחרי קולסון, ניק פיורי נעלם,…

פרק 22 ואחרון לעונה. סודות אפלים נחשפים כאשר קולסון והצוות מסכנים הכל כדי לעצור את גארט ואת הידרה. בתפקיד אורח: סמואל ל' ג'קסון.

האמת אודות גיוסו של וורד להידרה ולסוכנות ש.י.ל.ד נחשפת. קולסון וצוותו חודרים במסווה אל אחד ממטות סייברטק כדי לגלות מה הם מתכננים לעשות ומה הקשר של הידרה לגארט.

כאשר כבר לא ניתן לבטוח באף אחד, הסוכנת מריה היל (קובי סמולדרס, "איך פגשתי את אמא") חוזרת כדי לסייע לקולסון בזמן שצוות ש.י.ל.ד. סופג מכה קשה.

כאשר עולמם מתהפך לחלוטין, קולסון מזדרז להציל את חייה של אהבתו הגדולה מכולן.

קולסון והצוות מחפשים מקלט מהקולונל גלן טלבוט – במקום האחרון שמישהו יחשוב עליו. הם מתחילים לחשוף את סודותיה המסוכנים ביותר של סוכנות ש.י.ל.ד, סודות העלולים להשמיד את כולם.

הסוכנים מוצאים את עצמם לכודים ללא אף בעל ברית, ומגלים שאחד מהם הוא בוגד.

הסוכנים גארט, טריפלט ועוד עולים לאוטובוס כדי לפתוח במבצע לאיתור חוזה העתידות. קולסון מטיל על סקיי את תכנון המבצע, אך חוזה העתידות שולח את דתלוק בעקבותיהם.

קולסון משתמש בטקטיקת התקפה כשהוא מנסה להציל את סקיי, ומגלה מידע חדש על חייו ועל סוכנות ש.י.ל.ד.