גיבס חוקר על עברו של ואנס לאחר שהוא מגלה כי המנהל לקח אנשים מחברי הצוות שלו כדי לחקור רצח של חבר ילדות.

חייל מארינס שנכלא בעוון מעילה עקב מקרה שדינוזי עבד עליו שלוש שנים קודם לכן משוחרר ממאסרו, והקצין שהעיד נגדו בעבר – נרצח.

במהלך חקירת מותו של מלח, דאקי מותקף בידי צופה מהצד, באותו כלי נשק ששימש לביצוע הפשע המקורי.

גיבס שולח את דינוזו ואת זיוה לנסות ולפרוץ למתקן צבאי סודי, בטענה כי זהו מבחן לבדיקת המיגון והאבטחה של המתקן.

זיוה מתוסכלת כשהיא לא מצליחה להשיג כרטיס טיסה לישראל. הצוות נקרא לחקור את המקרה של אדם שנדקר למוות במוסך שלו.

גיבס והצוות החדש שלו חוקרים מקרה של קצין שנרצח, בעוד גיבס מגלה שזיוה נפצעה בפיצוץ שקשור למקרה החקירה. בנוסף הוא מגלה שליאון היה מעורב בחקירה שלה.

בפרק האחרון לעונה, הצוות ממשיך במירוץ נגד השעון בציד אחר הרוצח שרצח אחד משלהם.

הסוכנים מחפשים אחר רוצח שרצח אחד משלהם, ונמצאים כולם בסכנה גדולה.

פאלמר מזהה רוצח מסתורי כאדם מעברו, ונהיה המטרה המרכזית שלו.

זיווה יוצאת למשימה תחת זהות בדויה, אך חייה נתונים בסכנה כאשר הרוצח שהצוות עוקב אחריו מתחיל לחשוד בה.

הצוות בוחן תקיפה אכזרית של כלב, ואבי מסכנת את הקריירה שלה כדי להוכיח שהכלב חף מפשע. גיבס מתקרב בינתיים אל הסוד שג'ני מסתירה.

הצוות נמצא במעקב אחר מחסן, שציוד רדאר נעלם ממנו, ועד לרצח. בינתיים, לדאקי יש סוד שהוא לא מספר לסוכנים האחרים.

חייל מארינס מוסלמי נמצא מת ליד מסגד. מתוך כבוד למשפחה, דאקי מסרב לבצע נתיחה שלאחר המוות.

הצוות מטפל בילד בן 9 שאביו, אדם מבוקש, נעדר. במהלך החיפוש נחשפים פרטים חדשים מעברו של האיש.

הצוות נקרא לעזרה כאשר קצין בחיל הים מאיים לקפוץ מגג בניין. ניסיון ההתאבדות הופך במהרה לחקירת רצח.

דאקי בוחן גופת גבר, ומגלה שהאיש נרצח והיה קשור לפושע גאון.

בפתיחת העונה החמישית, צוות אן-סי-איי-אס נכנס לעימות מסוכן עם סוחר נשק, המסתיים בצורה הרסנית.

פרק 24 ואחרון לעונה. גיבס מנסה לפענח למה הסוכנים מתבקשים לעבור בדיקת פוליגרף, בעוד טוני וחברה שלו מוחזקים כבני ערובה בידי סוחר סמים.

גיבס דוחה את עבודת הניירת שלו על מנת להוביל את חקירת הרצח של אישה שנמצאה במונית בדרך למפקדה. בינתיים, ג'ני חושפת סוד בנוגע לעברה.

צלם עיוור מצלם בטעות רצח של קצין זוטר. עם ראיות מעטות, הוא מנסה לשחזר את זירת הרצח. בינתיים, גם גיבס וגם טוני חווים בעיות במערכות היחסים שלהם.

קבר בבית קברות צבאי מתפוצץ, ובתוכו חלקי גופות. הצוות יוצא לחפש אחר רוצח סדרתי שאוהב לבתר את קורבנותיו. בינתיים, אבי מתמודדת עם אכזבה אישית, ונפתחת רק בפני גיבס.

מפקח מטעם הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית מבקש מהסוכנים לפתור עבורו רצח – את הרצח שלו עצמו. האדם, חולה וגוסס, יודע שהורעל ורוצה למצוא את האחראי לכך. זיווה בטוחה שהיא מכירה…

גופתו של מלח נמצאת במסעדה נטושה, והסוכנים עובדים עם שוטרים מקומיים. אחד מהם דומה מאוד לטוני באישיותיו, וטוני נפתח בפניו ומתוודה על רגשותיו כלפי ג'ן.

גילוי גופתו של חייל מארינס שעבד עם נשק כימי מוביל את הסוכנים לאויב ותיק, מומחה חומרי הנפץ מאמון שריף. גם הקולונל הוליס מן מגיעה אל שריף – היא מצטרפת אל…

חברי הצוות נאלצים להשתתף בסמינר על הטרדה מינית, במהלכו נודע להם על מפקדת בחיל הים שנמצאה מתה. מתברר שהיא נחנקה מפחמן דו-חמצני, בתוך הרכב הרובוטי שהיא עזרה לפתח.

גופה חרוכה וחנוטה כמומיה נמצאת בבסיס מארינס, והצוות נקרא לחקור. התפתחות החקירה מובילה לכך שהצוות צריך לעבוד עם האף.בי.איי. בינתיים, הסוכנים כועסים על מקגי שכתב רומן ובו דמויות המזכירות אותם.

אחותו הצעירה של מקגי מופיעה בדירתו מכוסה בדם, ואינה זוכרת מה קרה. כאשר הוא הולך לקולג' בו היא לומדת כדי לברר עוד פרטים, הוא מוצא את צוות המז"פ סביב גופתו…

אדם נופל אל מותו ממרפסת מלון, במהלך מפגש של אנשים בעלי שם. מסתבר שהוא היה חייל מארינס עטור שבחים, שהפך להומלס לאחר ששוחרר מהצבא.

הצוות נקרא לחקירה, כאשר במהלך ליל כל הקדושים חייל מארינס מותקף בביתו, ונראה שבתו נחטפה.

גופתו הרקובה של חייל מארינס נעדר נמצאת בבית נטוש, לאחר שמישהו חפר והוציא אותה מהחצר האחורית.

גיבס פרש ונסע למכסיקו, וטוני מפקד כעת על הצוות. זיווה עדה לרצח פוליטי והופכת לחשודה בעיני האף-בי-איי הצוות מחפש אחריה, ואילו היא מחפשת אחר האדם היחיד שהיא יודעת שיוכל לעזור…

גיבס חוזר זמנית לצוות כסוכן, כאשר אסיר שהוא ופורנל שלחו לכלא בורח והופך לאיום עבור פורנל ובתו הקטנה.

גיבס נפגע בפעולת טרור וטוני לוקח את הפיקוד, למורת רוחם של כמה מחברי הצוות. גיבס חווה פלאשבקים מעברו שמציפים אותו ברגשות שהודחקו.

בפרק סיום העונה, הצוות מנסה לבלום התקפת טרור נגד חיל הים, בזמן שגיבס, שעדיין מתאושש מפציעתו, סובל מאובדן זיכרון.

סוחר סמים מובא לתחקור ביחידה, אך נופל ומת במעלית. אחיו של האדם, עדיין לא עודכן בדבר מותו של האח, מתקשר ומודיע שהוא חטף את שפרד ושיהרוג אותה אם לא יחזירו…

הצוות חוקר סביב בית הארחה של משפחות של חיילים, לאחר שנמצא חדר מטונף בדם וברקמות אדם. דאקי מגלה שהממצאים נלקחו משלוש גופות שונות שנותחו באופן מקצועי.

חברה ביחידת ההצפנה של משרד ההגנה נמצאת מתה כתוצאה מהתאבדות, כאשר הצוות נמצא בפנטגון במרדף אחר חפרפרת. אבי מגלה שמישהו היה עם הקורבן בעת מותה.

גופתו של חייל מארינס נמצאת באגם קפוא. גילוי גופות נוספות בסביבה גורם לצוות לחשוד בכנופיית רחוב.

הצוות נוסע לכיוון פארק לאומי, לאחר שמלח נהרג שם בידי דוב. מסתבר שהייתה איתו אישה, שכנראה עדיין נמצאת בסיכון. בינתיים, אבי זועמת בגלל שגיבס שכח לקחת אותה לארוחת הערב המסורתית…

רכב רפואי המוביל את גופתו של חייל מארינס שמת בתאונת דרכים מתפוצץ, והצוות מגלה שהפיצוץ לא היה מקרי. המסתורין מסתבך עוד יותר עם גילויה של ראייה חדשה.