פרק סיום העונה. זיוה נהרגת בפיצוץ בבית אביה בישראל, טוני הרוס מהבשורה. במקביל, הוא מגלה את דבר קיומה של טלי, הבת שילדה לו זיוה, והדבר מחולל מהפך בחייו.

מסע החיסולים של ג'ייקוב סקוט נמשך. גיבס וצוותו מאתרים את שתי המטרות האחרונות ומחקירתם עולה כי ייתכן שג'ייקוב הופלל בידי סוכנים מושחתים.

בעודם רודפים אחרי הרוצח מנמל אל נמל, מגיע אל חברי הצוות מידע לפיו ייתכן והוא הסתנן אל שטחי הצי.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות עלו על זהותו של הרוצח הסדרתי, שמכין להם מלכודת אחרונה משלו.

כאשר סוכן הסי-איי-איי טרנט קורט מתקשר לבקש טובה, גיבס מסכים לפגוש אותו במחסן נטוש. בהגיעו למקום, גיבס מוצא את הסוכן עם שני גברים מתים – כשהסוכן טוען שהם ירו אחד…

במהלך חקירת מותו של מלח, דאקי מותקף בידי צופה מהצד, באותו כלי נשק ששימש לביצוע הפשע המקורי.

סוחר נשק נמצא מת, וה-אף-בי-איי חוקר את צוות האן-סי-איי-אס. ג'ני שפרד הופכת לחשודה העיקרית.

בפתיחת העונה החמישית, צוות אן-סי-איי-אס נכנס לעימות מסוכן עם סוחר נשק, המסתיים בצורה הרסנית.

פרק 24 ואחרון לעונה. גיבס מנסה לפענח למה הסוכנים מתבקשים לעבור בדיקת פוליגרף, בעוד טוני וחברה שלו מוחזקים כבני ערובה בידי סוחר סמים.

גיבס דוחה את עבודת הניירת שלו על מנת להוביל את חקירת הרצח של אישה שנמצאה במונית בדרך למפקדה. בינתיים, ג'ני חושפת סוד בנוגע לעברה.

שפרד מסכנת את חייה ומסכימה להיפגש עם מודיע לבד, אך המפגש מתפוצץ כאשר המודיע נהרג. גיבס והצוות מנסים לאסוף את המידע שהאיש התכוון לספק להם.

סוחר נשק עושה עסקה עם הסוכנים, ומסכים לתת להם את שמו של סוחר בכיר שבידיו המערכת הלוויינית המוצפנת של חיל הים. החקירה מצריכה אדם אנגלי כבן 60, ודאקי נשלח למשימה.

חברי הצוות נאלצים להשתתף בסמינר על הטרדה מינית, במהלכו נודע להם על מפקדת בחיל הים שנמצאה מתה. מתברר שהיא נחנקה מפחמן דו-חמצני, בתוך הרכב הרובוטי שהיא עזרה לפתח.

גופה חרוכה וחנוטה כמומיה נמצאת בבסיס מארינס, והצוות נקרא לחקור. התפתחות החקירה מובילה לכך שהצוות צריך לעבוד עם האף.בי.איי. בינתיים, הסוכנים כועסים על מקגי שכתב רומן ובו דמויות המזכירות אותם.