לאחר שהארפר דירינג מפוצץ את מכוניתו של ואנס והורס את מרבית בנין אן-סי-איי-אס, מגבירים הסוכנים את מאמציהם ללכוד אותו, ואף מקבלים אישור מן הנשיא להורגו במידת הצורך.

גיבס חייב לעבוד עם מזכיר הצי מאט קרייבן ועם ד"ר סמנתה ראיין (ג'יימי לי קרטיס בתפקיד אורח) כדי לגלות מי הדליף מידע מסווג.

חקירת רציחתו של קצין בצי מוביל את הצוות אל איי-ג'יי בארט שמוביל אותם לפתיחת התיק של הסוכן סטראטון.

גיבס וזיוה נוסעים לאפגניסטן בחיפוש אחר גבריאלה פלורס, שם הם מגלים כי גבריאלה נמצאת בצרות.

מטוס תובלה ב-130 המוביל גופות של חיילים שנהרגו באפגניסטן מתרסק, והצוות חייב לזהות במהירות את הגופות.

אביגיל בורין חוזרת לצוות בעת שקצין של חיל הים נורה למוות בעודו בודק ספינת מטען שהגיעה לנמל.

בפתיחת העונה התשיעית, טוני נורה ולא זוכר דבר. הוא עובד עם גיבס וד"ר קרנסטון בנסיון לזהות את התוקף שלו.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות עלו על זהותו של הרוצח הסדרתי, שמכין להם מלכודת אחרונה משלו.